یکی از سوالات متداول در سنتز پرایمر انتخاب روش تخلیص پرایمر هست. تخلیص از آن جهت برای پرایمر تازه سنتز شده اهمیت دارد که مخلوط پرایمر سنتز شده حاوی باقی مانده نمک ها ، مواد اولیه و اولیگونوکلئوتید هایی است که به صورت نیمه سنتز شده اند و در کارهای حساس ایجاد مشکل خواهند کرد.
به صورت پیش فرض تمامی شرکت های سنتز پرایمر، محصول خود را به روش Desalt نمک گیری و تخلیص اولیه میکنند اما شما ممکن است بسته به نیاز خود روش دیگری را برای تخلیص مورد استفاده قرار دهید.
در جدول زیر انواع روش‌های مختلف تخلیص پرایمر و شرایط آن معرفی شده است.
| روش تخلیص | توضیح | مزایا |
|---|---|---|
| Desalt | در این روش اولیگوها از یک ستون کروماتوگرافی عبور میکنند و نمک های موجود در ترکیب از آن حذف میشود اما اولیگوهای کوتاه و معیوب حذف نمیشوند. | حاصل این روش یک ترکیب DNA بدون نمک است که برای انواع PCR و Sequencing قابل استفاده است. کم هزینه بوده و میزان اتلاف کمی دارد. |
| OPC (Cartridge) | با استفاده از کروماتوگرافی فاز معکوس انجام میشود و میتواند علاوه بر نمک ها، پرایمرهای ناقص را نیز از نمونه جداسازی کند. | در مواردی که نیاز به پرایمر کاملا خالص باشد این روش پیشنهاد میشود. میزان اتلاف پرایمر در این روش بیشتر از روش Desalt است. این روش تخلیص برای اولیگوهای بین 7 تا 55 نوکلئوتید قابل انجام است. |
| HPLC | مشابه روش کارتریج با استفاده از کروماتوگرافی فاز معکوس انجام شده و میتواند توالی های ناقص را از پرایمرهای کامل جداسازی کند. | بیشترین درصد پرایمر کامل در این روش تضمین میشود. در خروجی حاصل از این روش نزدیک به 85 درصد پرایمرها کامل هستند. اما بیشترین میزان اتلاف پرایمر مربوط به این روش است. در این روش اولیگوهای بین 10 تا 55 نوکلئوتید قابل تخلیص هستند. |
| PAGE | جداسازی با استفاده از روش الکتروفورز انجام شده و خلوصی بالاتر از 85 درصد قابل دستیابی است. | محصول این روش خلوص بسیار بالایی دارد. اولیگوهای از 7 تا 100 نوکلئوتید قابل تخلیص با این روش هستند. |
پرایمر تخلیص شده به روش Desalting به خوبی برای یک PCR، واکنش توالی یابی، AFLP و یا پرینت کردن یک چیپ میکرواری مناسب است. اما برای مواردی مانند مطالعات antisense ، Gel shift assays و Site-directed mutagenesis پیشنهاد میشود از روش های تخلیصی که قطعات ناقص را حذف میکنند استفاده کنید.
برای پرایمرهایی که در انتهای ‘5 خود دارای توالی خاصی مانند یک جایگاه برش، محل اتصال پلیمراز یا یک نشانه هستند، مانند پرایمرهای کلونینگ پیشنهاد میشود برای افزایش کارایی، از روش های تخلیصی که پرایمرهای ناقص را جداسازی میکنند استفاده کنید.
